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他把大量的精力放在史料的辨伪上，逐一否定了与李岩有关的记载，并解释清楚了李岩传说的来龙去脉。
[25]文章发表后，美国的明清史学者戴福士（R.V.DesFes）寄赠了他数年研究的、与其相似的观点，即李岩确系乌有先生。
他对顾先生的研究给予高度的评价，并变换了研究的思路与角度，进一步丰富了先生的观点。
[26]
在明清之际重大的历史事件和理论问题的研究上，顾先生多有发覆，澄清了许多误解。
如大顺政权的性质问题，他认为大顺政权失败的根本原因在于“大顺政权没有随着阶级关系的变动相应地调整自己的政策”
，即没有及时从农民性质的政权转变为封建政权，满、汉地主阶级的联盟，里应外合，通力镇压，是大顺农民革命政权失败的根本原因。
[27]与之相一致的，他认为，李自成起义军“确实曾经长期采取流动作战的斗争方式；但是，要说李自成奉行一种什么‘流寇主义’却是难以令人信服的”
。
在四处征战过程中，大顺政权也在各地部署武装力量、建立自己的政权，并为巩固这些政权做出了种种努力。
[28]在《明末农民战争史》一书附录的《大顺政权地方官员表》和《大西政权地方官员表》中，可以一目了然地看出李自成和张献忠农民政权的性质和建立地方政权的情况，也是对“流寇主义”
观点绝好的回击。
[29]对南明时期大顺、大西农民军余部抗清斗争的评价问题，顾先生也提出了全新的观点。
顾先生的晚年密切关注明代的卫所制度和明帝国疆土管理问题。
他在《中国社会科学》和《历史研究》等杂志发表的《明前期耕地数新探》《明帝国的疆土管理体制》《谈明代的卫籍》和《卫所制度在清代的变革》等四篇文章，在明清史学界再次引起关注。
他创造性地提出明帝国两大管理系统的论断，其基本观点是：明帝国的整个疆土是分别隶属于行政系统即六部—布政使司（直隶府、州）—府（直隶布政司的州）—县（府属州）和军事系统即五军都督府—都指挥使司（行都指挥使司、直隶都督府的卫）—卫（直隶都司的守御千户所）—千户所两大系统的……明代军事系统的都司（行都司）、卫、所在绝大多数情况下也是一种地理单位，负责管辖不属于行政系统的大片明帝国疆土。
明代体制的这一重要特点，为历来治明史者所忽视。
他的这一研究引发了明清史学界在诸多领域的思考，如有学者认为，他的这一理论对长期争论不休的明清两代的人口与耕地问题的解决大有裨益，也进一步论证了清前期社会经济的恢复与发展是相当滞后的观点。
[30]
顾先生的创新不是刻意去标新立异或哗众取宠，而是对相关问题在科学研究基础上去探寻历史的真实，去澄清大量史籍错误或前人的误解。
对于他一反传统的观点，许多人从情感上难以接受，但看了他的论证，又感觉难以反驳。
顾先生每发一覆，必以翔实的史料为基础，以最大限度地接近历史的真实为目标，虽然不乏颠覆之作，惊人之举，但细读其文，唯有佩服其功力。
三、无信不征的考辨，严谨持重的学风
顾诚先生的考实功力为学界所公认。
他的史料运用几近“竭泽而渔”
，并摸索出科学的考据方法，可谓当代考实之学的杰出代表，他谨严的治学态度和无信不征的考实学风，是留给后人的一笔最为宝贵的财富。
史学理论家刘泽华先生把顾先生的《李岩质疑》和陈寅恪先生的“曹冲称象之事”
的考证方法作为当代历史学考实的典范。
[31]
顾先生在庞杂的明清史料里披沙沥金。
如在明末农民战争的研究中，他对“古元真龙皇帝”
的解释[32]、对子虚乌有的荥阳大会和“分兵定向”
策略的论证、否定了清初关于张鼐或李双喜统率孩儿军的说法、澄清了车厢峡之困和抗击张献忠的女将军沈云英的相关事实等；对李自成起义军何时从何地入豫以及何时称帝进行了详细的考订[33]，摆事实，讲道理，令人折服。
在《南明史》中，全书考订出的史实及史籍错讹之处俯拾即是。
顾先生扎实的考辨功力源于他“板凳要坐十年冷”
的刻苦钻研精神，源于“竭泽而渔”
式的史料搜索，以及敏锐的洞察力。
像《南明史》直接征引的地方志史料有200余种，而他把明末及南明义军所到地区的省、府、州县志书全部翻检一遍，达上千部之多，仅云南一省的方志就查阅了100余种。
一些珍贵的史料，如中国青年出版社2003年版《南明史》的封面配图出自柳同春的《天念录》中的插图，该书生动地描述了清军围困南昌城的情形，是顾先生在图书馆里首次发现并利用。
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