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明军推进的速度很快，主要是没什么人抵抗，那些卫所军都投降了，少数那些家丁也被几轮排枪打崩了。
很快就攻破了内城，然后又拿下了皇宫，皇宫也没什么守卫，都跑了。
随后明军开始在锦衣卫的配合下到处抓人，勋贵、南京六部的文官、士绅地主、富商，南京里九成以上的有钱有势的都被抓了，就连原来的南京锦衣卫也被清理门户了。
抓的人太多，监狱完全关不下这些人，只能找了几个大院子临时关押。
至于福王，这是锦衣卫亲自抓的，被关在原南京宗人府，等着朱由校的处理。
第二天，南京城被破的消息就向四面八方传了出去，南直隶、浙江一带叛乱的人都慌了，着急忙慌的想跑路，可这时候朝廷军队从四面八方包围了过来，长江上有登莱水师巡逻，沿海地区也都是登莱水师的战船，根本没地方跑。
那些被集结起来的卫所军在听说南京破城的原因后，在锦衣卫的串联下，一些底层军官也开始带人反正，配合朝廷大军，没用一个月时间，就彻底平定了这次堪称搞笑的叛乱。
短短两个月不到，几十万大军的叛乱就被平定了，当消息传到京城后，朱由校当场就大骂废物。
虽然他知道原历史南明不怎么样，但也没想到现在这个时候的南直隶那帮人就已经这么废物了。
至于那些人该怎么处理，朱由校已经有了决定，但还是上了一次朝会。
“南直隶造反已经平定了，至于那些人该怎么处理，你们觉得怎么办？”
方从哲是首辅，第一个站了出来，“陛下，叛乱之人过多，不宜牵连过多，老臣觉得只诛首恶，从轻处罚其他人，以此显示陛下皇恩浩荡！”
“首辅真是老成谋国之言，那些士绅商人都是被裹挟的，应当从轻发落！”
刘一燝立刻赞同方从哲的话。
朱由校嗤之以鼻，这不就是想保住那些士绅地主嘛，说的那么冠冕堂皇的，不知道的还真以为他们是为大明朝考虑呢。
“陛下，臣反对！
谋反是十恶不赦的大罪，都应该从重处置，如此才能警示世人！”
周文看到朱由校的眼色，立刻出来反驳。
“周文你放肆，你知道那是多少人吗？都从重处置天下如何看待陛下，陛下的身后名怎么办？”
韩爌立刻站出来怒斥周文。
“怎么了，难道处理一些反贼，还能影响陛下的名声？陛下千古圣君，岂是区区一些反贼能影响的！”
看到这些人开始狡辩，李鸿运立刻站出来帮周文说话，而且韩爌话里的意思就是只要朱由校从重处理了这些人，那他以后就是暴君。
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